https://opendata.uni-halle.de//handle/497920112/159879 Sat, 11 Apr 2026 11:11:17 GMT 2026-04-11T11:11:17Z https://opendata.uni-halle.de//handle/1981185920/35898 Title: Strukturelle und funktionelle Analyse des mRNA-3‘-Prozessierungs-Komplexes Author(s): Tüting, Christian Abstract: Während der Reifung von mRNA wird diese am 3‘-Ende gespalten und polyadenyliert. Dieser Prozess wird von einem Multiproteinkomplex katalysiert. In dieser Arbeit wurden die bisher bekannten und an der mRNA-3‘-Prozessierung beteiligten Proteinkomplexe gereinigt, biochemisch charakterisiert und mittels cross-linking und Massenspektrometrie strukturell untersucht. Die erhaltenen Strukturinformationen wurde genutzt, um durch computergestützte Proteinstrukturvorhersage Strukturmodelle der Proteinkomplexe von CFII, CstF und dem Endonuklease-Komplex zu erstellen. Darüber hinaus wurden die rekombinanten Proteinkomplex in pulldown-Experimenten genutzt, um unbekannte Proteine und Interaktionspartner zu identifizieren. Hierbei konnte viele an der mRNA-Prozessierung, -Qualitätskontrolle und -Export beteiligten Proteinkomplexe erfasst werden.; During maturation of mRNA, it is cleaved at the 3' end and polyadenylated. This process is catalyzed by a multiprotein complex. In this work, the previously known protein complexes involved in mRNA 3' processing were purified, biochemically characterized, and structurally investigated by cross-linking and mass spectrometry. The structural information obtained was used to generate structural models of the protein complexes of CFII, CstF, and the endonuclease complex by computer-assisted protein structure prediction. Also, the recombinant protein complexes were used in pulldown experiments to identify unknown proteins and interaction partners. Here, many protein complexes involved in mRNA processing, quality control, and export could be detected. Wed, 01 Jan 2020 00:00:00 GMT https://opendata.uni-halle.de//handle/1981185920/35898 2020-01-01T00:00:00Z https://opendata.uni-halle.de//handle/1981185920/35511 Title: Metabolic flux analysis for biosynthesis of volatile terpenoids in model Lamiaceae plants Author(s): Koley, Somnath Abstract: Essentielle Öle von Laminaceen haben eine wirtschaftliche Bedeutung auf Grund ihres hohen Gehaltes an Terpenen die in den Trichomen produziert werden. Wenig verstanden wird bislang die Regulation der Biosynthese dieser Terpene. Diese Regulation wurde in der vorliegenden Studie mittels Metabolischer Flussanalyse (MFA) in Pfefferminze und Oregano untersucht. Die Flussanalyse ergab einen Beitrag des Mevalonat Biosynthese Weges zur Monoterpensynthese und einen Beitrag des “Nicht-Mevalonat” Weges zur Sequiterpensythese. Diese Interaktion der Stoffwechselwege zur Synthese von Mono und Sequiterpenen konnte quantifiziert werden. Gleichzeitig wurde die Wichtigkeit des oxidativen Pentosephosphatweges über die Bereitstellung von Reduktionsäquivalenten und RuBisCo zur effizienten CO2 Refixierung nachgewiesen. Diese Studie stellt einen Beitrag zum “metabolic engeneering” dieser Stoffwechselwege dar, da es “bottlenecks” in diesen Synthesewegen aufzeigt.; Essential oil of Lamiaceae plants has commercial value due to the enrichment of volatile terpenes in trichomes. However, overall metabolic regulation for the production of these volatile compounds is still not fully understood. The present study was to investigate the metabolism towards terpene production in trichomes which was achieved by performing metabolic flux analysis (MFA) in peppermint and oregano. The flux analysis provided evidence for the contribution of the alternate mevalonate route to monoterpene production and non-mevalonate route to sesquiterpene production, and quantified the cross-talk between non-mevalonate and mevalonate route. In addition, MFA supported a prominent role for the oxidative pentose phosphate pathway in providing reductants for terpene biosynthesis and RuBisCO in refixing CO2 thereby contributing to the carbon use efficiency in peppermint trichomes. This study can advance the metabolic engineering of this cell by uncovering the metabolic bottlenecks in the precursor pathways for further increasing the productivity of these high value compounds. Wed, 01 Jan 2020 00:00:00 GMT https://opendata.uni-halle.de//handle/1981185920/35511 2020-01-01T00:00:00Z https://opendata.uni-halle.de//handle/1981185920/35482 Title: Structural and functional characterization of a major facilitator superfamily multidrug resistance transporter (MdfA) from Escherichia coli : [kumulative Dissertation] Author(s): Nagarathinam, Kumar Abstract: Eine Hauptursache für Multidrug-resistenz (MDR) ist der aktive Export von antibiotics. MdfA ist ein gut charakterisierter H+/Multidrug-Antiporter aus Escherichia coli. MdfA besitzt funktionelle Elemente, die in anderen MFS-MDR-Antiportern konserviert sind, welche ihn zu einem geeigneten Modell für die Untersuchung des Effluxtransports macht. In dieser Arbeit beschreiben wir den Prozess der Erzeugung gut geordneter MdfA-F(ab)-Kristalle mit Hilfe der kubischen Lipidphase-Methode. Unter Verwendung dieser Methode bestimmen wir die Struktur von MdfA in einem nach außen offenen (Oo) Zustan. Der Vergleich der Oo-Struktur von MdfA mit der veröffentlichten nach innen offenen (IF) Struktur zeigt zwei signifikante strukturelle Unterschiede um die hochkonservierten Motive B und C. Die strukturellen Unterschiede eignen sich zur Bestimmung eines Konformationswechselmechanismus, der als Vorlage für das Verständnis des Arzneimitteleffluxes in anderen Antiportern vom MFS-MDRTyp dienen kann.; A principle cause of Multidrug resistance (MDR) in bacteria is active efflux of antibiotics. MdfA, a well-characterized H+/multidrug antiporter from Escherichia coli possesses functional elements conserved in other MFS-MDR antiporters making it a model character to study efflux transport. In this work, we describe the process involved in generating well-ordered MdfA-F(ab) crystals using the lipidic cubic phase method and have determined the structure of MdfA in an outward-open (Oo) state. Comparing the Oo structure of MdfA with the published inward-facing (IF) structure reveals two significant structural differences around the highly conserved motif-B and motif-C. The structural differences lend themselves to describe a conformational switching mechanism which may serve as a template to understand drug efflux in other MFS-MDR type antiporters. Wed, 01 Jan 2020 00:00:00 GMT https://opendata.uni-halle.de//handle/1981185920/35482 2020-01-01T00:00:00Z https://opendata.uni-halle.de//handle/1981185920/35370 Title: Charakterisierung von AUF1-homologen Mosquito-Proteinen und deren Einfluss auf die RNA-Replikation des West-Nil-Virus Author(s): Meyer, Alexandra Abstract: Viren nutzen in verschiedenen Phasen ihres Lebenszyklus zahlreiche zelluläre Proteine der infizierten Wirtszelle. Zu diesen gehören das humane RNA-Bindeprotein AUF1p45, welches mit Hilfe von zwei RNA-Umstrukturierungsaktivitäten (RNA-Chaperon- und RNA-annealing-Aktivität) die Replikation von Flaviviren unterstützt. Im Rahmen dieser Arbeit wurden die zwei AUF1p45-homologen Proteine Squid-p30 und Squid-p32 aus Mosquitos charakterisiert. Sie zeigten eine Substratspezifität für AU/GU-reiche RNA und eine geringere Ausprägung der zwei RNA-Umstrukturierungsaktivitäten als AUF1p45. Ebenso stimulierten die Squid-Proteine die virale (-)-Strang-RNA-Synthese. Mit Hilfe einer Mutationsanalyse konnte der Einfluss von zwei Tryptophanen innerhalb eines YGG-Motivs von Squid-p32 auf die RNA-Bindung und RNA-Umstrukturierungsaktivitäten identifiziert werden. Anhand eines RNA-Thermometer-Modells wurde vermutet, dass sich die Wirtsfaktorfunktion von AUF1p45 erst in Vertebraten entwickelt hat.; Viruses depend on numerous cellular proteins during different phases of their viral life cycle. One of them is the human RNA binding protein AUF1p45 which promotes flaviviral replication by two RNA remodeling activities (RNA chaperone and RNA annealing activity). In this work the two AUF1-homologous mosquito proteins squid p30 and squid p32 were characterized. The squid proteins showed a substrate specificity for AU/GU-rich RNA and two RNA remodeling activities which were less pronounced than for AUF1p45. Furthermore, the squid proteins stimulated the viral negative-strand RNA synthesis. By means of a mutagenesis study the impact on RNA binding and RNA remodeling activities of two tryptophanes within a YGG motif of squid p32 could be identified. On the basis of a RNA thermometer model it is presumed that the role of AUF1p45 as a host factor has only evolved in vertebrates. Wed, 01 Jan 2020 00:00:00 GMT https://opendata.uni-halle.de//handle/1981185920/35370 2020-01-01T00:00:00Z